Na 6ª temporada, Daniel "Hondo" Harrelson procurou conciliar a liderança da equipa S.W.A.T. com o nascimento da filha. Ao mesmo tempo, a sua unidade trabalhava em conjunto com a DEA para apanhar o chefe de um cartel da droga.

A última temporada começa no México, onde a equipa vai escoltar um fugitivo até aos Estados Unidos, enquanto uma antiga testemunha deste caso corre perigo e Hondo terá que fazer de tudo para a salvar.