O NCIS (o Serviço de Investigação Criminal Naval) vai continuar a proteger a nação de ataques internos e fazer face ao grupo terrorista "A Irmandade da Dúvida".

Nesta temporada, a equipa é testada até ao limite quando um dos seus membros é feito refém por um terrorista, enquanto um assassino, conhecido pela unidade, ressurge misteriosamente, levando-a a Nova Orleães para um emocionante episódio de duas partes.